这部拍摄于1989年()版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集，影片承接第一集母亲维尼卡怀()上赛斯()孩子的伏笔，当她产下一枚蝇()蛹时被当场吓死。当()局的科研机关巴托工业()园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过()程，让马丁研()究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊()帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速度和超人的天资才能。不久，马()丁就与美丽的贝斯·()洛根（达芙妮·祖尼加() Daphne Zuniga饰）坠入爱河。可隐藏在马丁体()内的变异染色体突然苏醒，等待马丁()的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩()耗。